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辰山中心在壳斗科植物转录组研究中取得进展

辰山中心在壳斗科植物转录组研究中取得进展

  上海辰山植物园(中国科学院上海辰山植物科学研究中心)植物系统与进化研究组在壳斗科植物转录组研究中取得进展,该研究成果于10月12日在线发表在《树木遗传学与基因组学》(Tree genetics & genomes)上,论文题目为De novo transcriptome assembly and development of SSR markers of oaks Quercus austrocochinchinensis and Q. kerrii (Fagaceae)(《壳斗科栎属植物越南青冈和毛叶青冈的转录组从头组装及微卫星标记的开发》)。

  该研究对越南青冈和毛叶青冈的转录组进行测定,利用比较基因组分析方法,寻找越南青冈中特有SNP用于引物开发。该研究将从越南青冈和毛叶青冈新叶、老叶、根和茎所提取的RNA混合,利用Illumina Miseq sequencing platform测序,分别获得各14,247,444 / 12,900,500条序列读长。在两个种中分别获得了79,312 / 81,921腾讯分分彩contigs(越南青冈/毛叶青冈)。Ka/Ks分析发现 24 个基因,这些基因大部分与生物合成和生长相关。在两个种成功开发出了5,196 / 5,021对引物。从29,893对预测直系同源基因中,获取了215SSR 位点,其中102对引物能很好扩增出清晰和适合的条带。研究发现有18个位点具有极高的多态性,适合用于群体遗传学研究。10个位点具有较高的Fst值或是正选择值可用于杂交研究。最后,该研究利用已有基因组序列的夏栎Quercus robur和板栗Castanea mollissima,进行模拟PCR评估SSR引物的通用性。这项成果为研究栎属青冈亚属和栎亚属植物的群体遗传学提供了分子工具。该论文的第一作者为安淼,通讯作者为研究员邓敏。

  此项研究得到国家自然科学腾讯分分彩基金和上海市绿化和市容管理局项目的支持。

  文章链接

 

越南青冈和毛叶青冈中SSR类型和所占比例。单核苷核重复类型已经剔除